聯邦製藥化學藥物研究所成立於1998年，目前是廣東省企業技術中心、廣東省抗感染工程研究開發中心、博士後科研工作站、工程技術研究開發中心。主要負責聯邦製藥的化學藥物工藝研究、化學藥物質量研究、穩定性研究及項目申報（藥品註冊）。研發產品涉及抗生素、抗病毒、糖尿病系列、精神類、眼科用藥等領域。在研品種有10多種化學藥品處於不同的研發階段。
　　聯邦製藥化學藥物研究所現擁有一支專業齊全、結構合理、具有國際視野的藥物研發和管理團隊，研究員均具有本科及以上學歷，其中碩士研究生及以上學歷人員約占總人數的30%，具有專業技術職稱人員約占總人數的50%。同時，研究所具備完善的軟硬件實驗條件，擁有包括意大利馬西姆氣流粉碎機、德國亞歷山大干法制粒機、英國malvern粒度分析儀、日本島津高效液相色譜儀等精密藥物研究設備，配備審計追蹤系統能有效保證研究所電子數據的完整性、安全性、準確性及可追溯性。研究所還依托聯邦製藥的各生產基地，與生產車間無縫對接，構建起新藥從實驗到產業化的系統藥學研發管理體系，從而保證了藥物研發有序和高效地運行。
　　化學藥物研究所自建立以來積極與國內外高校、科研院所建立了長期友好的合作關係，形成「產學研」戰略合作聯盟，共同進行有自主知識產權化學藥品的研發：與四川抗菌素工業研究所合作進行抗病毒新藥開發及其他抗感染藥物研究；與中國科學院合作進行老年癡呆藥物開發；與中國醫學科學院合作進行新型奎諾酮類抗生素及抗抑鬱藥品開發；與中山大學合作進行新型頭孢類抗生素的研究；與中國醫藥研究開發中心合作進行糖尿病藥物開發；與重慶醫科大學合作進行抗腫瘤藥物的研究等。
　　化學藥物研究所自建立以來開發各類新藥共100多個，為公司創造良好的經濟效益打下了堅實基礎：2004年，公司推出的新藥憂必青（咪奎莫特乳膏）；2007年，公司推出新產品阿迪仙（阿德福韋酯膠囊）；2008年，倍能安（注射用亞胺培南西司他丁鈉）獲批上市；2011年，公司推出倍能美（注射用美羅培南），同年，他唑仙（注射用哌拉西林鈉他唑巴坦鈉（4:1））獲批上市；2013年，鹽酸美金剛片、鹽酸美金剛口服溶液作為首仿藥品獲批上市。
　　聯邦製藥化學藥物研究所未來將主要從事抗感染、糖尿病、神經系統疾病、心腦血管疾病、內分泌、眼科用藥等多個治療領域新產品的研究開發，不斷拓寬藥物研究領域，廣泛開展交流合作，按照集團發展要求和市場開發需要，培育具有較強市場竟爭力的核心技術產品；並嚴格貫徹公司「創新是企業發展的根本動力」的研發戰略，積極進取，為人類醫藥事業的發展而不懈努力，讓生命更有價值。